Sepuluh tahun yang lalu, akademi bernama Guilty Sky didirikan oleh keturunan pertama dari ras Ethereal. Akademi ini berada di sebuah dimensi yang sangat luas dengan bentuk menyerupai Bumi, namun memiliki perbandingan ukuran 1:100 lebih besar. Lingkungan akademi ini didominasi oleh hutan dengan pepohonan raksasa yang tersebar di mana-mana. Berbeda dengan akademi lainnya, Guilty Sky dilengkapi dengan fasilitas yang sangat lengkap, mulai dari sekolah khusus untuk mengasah bakat, asrama nyaman layaknya rumah tinggal, hingga rumah sakit besar dengan peralatan medis mutakhir dan teknologi penjaga kebersihan udara. Selain itu, Android digunakan di berbagai bidang, termasuk berperan sebagai guru, perawat, hingga koki.

Pada awalnya, Guilty Sky mencatat prestasi gemilang dengan menerima banyak siswa berbakat. Namun, ketenangan itu terusik oleh sekelompok siswa ambisius yang menyebut diri mereka sebagai "Depressive". Dipimpin oleh siswa terkuat bernama Stronger, mereka terus mencari titik lemah dalam dimensi akademi ini. Akhirnya, mereka berhasil menguasai akademi, menindas siswa-siswa kuat, dan memaksa siswa yang lemah untuk bergabung ke kelompok mereka. Kelompok Depressive menjadi pemberontak yang berhasil menghancurkan sistem ciptaan ras pertama Ethreal, yang sekaligus mengakibatkan kehancuran ras tersebut.

Setelah tragedi tersebut, Guilty Sky ditutup untuk waktu yang lama. Namun, keadaan mulai berubah saat ras kedua Ethereal, Raizel, yang merupakan King of The Universe, turun tangan. Dengan menggunakan ekstensi kecerdasannya yang sulit dipahami, ia berhasil mengalahkan kelompok Depressive, termasuk pemimpin mereka, Stronger. Raizel kemudian membangkitkan dan mengembangkan kembali akademi ini dengan menyematkan kemampuan "Auto-Nitro", sistem yang mampu memulihkan segala bentuk kehancuran kembali ke kondisi normal secara otomatis.

Kini, dengan sistem dan teknologi yang diperbaharui, akademi yang dulu hancur telah bangkit kembali. Keunggulan sarana dan prasarana yang dibuat langsung oleh penguasa alam semesta ini menarik minat banyak makhluk untuk menuntut ilmu di sana. Meski begitu, Raizel memastikan seleksi tetap ketat, hanya siswa yang memiliki bakat, gelar, dan diakui oleh lingkungan sekitarnya yang bisa bersekolah di sini. Setelah generasi pertama resmi lulus, gerbang akademi kini dibuka untuk generasi kedua. Fokus cerita ini akan mengikuti perjuangan para siswa generasi kedua dalam menghadapi konflik internal serta tantangan masa depan mereka, demi mencetak generasi yang jauh lebih baik dari sebelumnya.