Setelah mengalahkan Black Mage yang mengincar True Magic, siswa Hakoniwa dihadapkan dengan pemberitahuan bahwa dunia mereka akan hancur. Untuk keselamatan mereka dipaksa siswa Guilty Sky yang menyamar untuk masuk ke dimensi khusus demi berlindung untuk sementara waktu.  

The Beast Incarnate, sebuah organisasi dengan ideologi Komunisme, ingin menyamakan penyihir dan manusia biasa dengan mengelabui waktu dan mengembalikan dunia ke masa lalu. Mereka menganggap diri mereka sebagai dewa kehancuran, revolusioner dari kegagalan dunia. Selama ribuan tahun lamanya, organisasi ini mengabdi untuk menelusuri sistem semesta, mengotak-atik konsep yang disebut waktu.

Tepat setelah bermulanya kehancuran di Hakoniwa, The Beast Incarnate menemukan celah untuk kembali ke masa lalu, melintasi ruang waktu untuk mengubah masa depan. Namun, setelah sampai di sana, mereka tidak dapat mengelabui waktu. Mereka tidak pernah menemukan konsep yang memulai butterfly effect. Ratusan tahun berlalu, mereka kemudian sadar, mereka perlu aktor lain sebagai penipu. Dengan alasan itu, mereka menciptakan sistem baru, menyeret para penyihir dari Hakoniwa untuk ikut andil di masa lalu.

Tanpa mengetahui apapun, Para Penyihir Hakoniwa yang tadinya bertempat di dimensi lain, tiba-tiba kembali ke masa lalu. Mereka kembali tepat saat dua negara superpower sedang berperang, membentuk Kubu Penyihir dan Kubu Esper. Kubu Penyihir percaya pada Tuhan dan sering melakukan ritual, sedangkan Kubu Esper mengandalkan sains dan ilmu pengetahuan.

Penyihir Hakoniwa sadar, mereka harus mencari kebenaran dari alasan mengapa mereka kembali ke masa lalu serta menghentikan perang besar antara Esper dan Penyihir, demi mempertahankan kesatuan dan menghormati setiap perbedaan. Meskipun mereka tahu, dalam sejarah, perang dimenangkan oleh Kubu Penyihir tanpa menyisakan esper.

Bagaimana kelanjutan ceritanya?

Siapakah yang memenangkan perang setelah aliran waktu dikotori oleh The Beast Incarnate?

Bagaimana Hakoniwa menjelaskan situasi mereka kepada dua kubu tersebut?

Siapakah yang akan di pihak oleh Penyihir dari Hakoniwa?

Apakah rencana The Beast Incarnate akan berhasil?