Beberapa bulan telah berlalu sejak Kise meminta siswa Generasi-2 dari Guilty Sky untuk pergi ke alam semesta lain. Dalam upaya untuk menyelamatkan dunia, Speed's Secret Army dibentuk dengan tujuan untuk mengambil kembali True Magic dari tangan The Anonymous. Namun, misi mereka menghadapi kendala karena kekuatan luar biasa yang dimiliki oleh The Anonymous yang dikenal sebagai Aoi. Kise dan Amaya kemudian mengungkapkan bahwa siswa Generasi-2 belum siap untuk menyelamatkan dunia karena mereka masih membawa beban pribadi yang belum terselesaikan.
Mengetahui hal ini, siswa Generasi-2 memutuskan untuk fokus dan menyelesaikan masalah pribadi mereka terlebih dahulu sebelum mereka dapat menghadapi tantangan besar untuk mengulang seluruh sejarah alam semesta. Walaupun tidak tahu berapa lama waktu yang mereka miliki, mereka menyadari bahwa umur seluruh alam semesta semakin terbatas.
Dalam perjalanan mereka untuk menyelesaikan beban pribadi, siswa-siswa ini harus mengatasi rintangan dan konflik internal. Mereka belajar untuk menghadapi ketakutan dan keraguan mereka sendiri, mencari keberanian dan kepercayaan diri untuk bergerak maju.
Dapatkah mereka semua mengakhiri beban pribadi mereka dan menghadapi The Anonymous?
Setelah beberapa tahun tidak bertemu, Kenichi dipertemukan kembali dengan Kei. Namun, rasa dendam karena merasa tidak diakui dan dikhianati membuatnya marah dan menyerang Ken dengan emosi yang meluap. Hubungan yang kompleks ini menciptakan masalah lain, di mana Kenichi juga menyerang Kaito, dan Hikari turut berpartisipasi dengan menyerang Kei.
Di sisi lain, Stanley, yang merupakan ketua Biro Keamanan, telah menyerbu para kriminal pencuri menggunakan gabungan anggota dari divisi 1 dan divisi 2. Ciel dan Izanami masih menunggu serbuan dari Biro Keamanan di kediaman para pencuri tersebut.